Den Zahnstocher gibt es bereits seit Jahrtausenden, er ist vermutlich das älteste Instrument zur Zahnreinigung. Zahnstocher sind in allen Kulturen bekannt. Bevor die Zahnbürste erfunden wurde, reinigte man sich die Zähne unter anderem mit harten und weichen Zahnhölzchen. Zahnstocher aus Bronze finden sich als Grabbeigabe in prähistorischen Gräbern in Oberitalien und in den Ostalpen. Auch in Mesopotamien" war er bekannt.

Der Tyrann Agathokles von Syrakus" Agathokles von Syrakus wurde im Jahr 289 vor Christus durch ein langsam wirkendes Gift umgebracht, das ihm sein Lieblingssklave in einem Zahnstocher verabreichte.

Zierliche, kunstvoll aus Silber gearbeitete Exemplare gab es in der Antike, ebenso aus Mastixholz bei den Römern.

Erasmus von Rotterdam (1469-1536) wies in seinem Benimmbuch darauf hin, Zahnstocher zu gebrauchen, gehöre zu den "feinen Manieren der Knaben".

Im 17. Jahrhundert gab es Zahnstocher als Luxusgegenstände bzw als Schmuckstücke. Sie waren aus edlem Metall geformt und mit kostbaren Steinen besetzt, häufig kunstvoll ziseliert und emailliert. Es gibt Portraits, auf denen Edelleute einen Zahnstocher an einer Kette um den Hals tragen, angefertigt von Silberschmieden aus Edelmetall edlen Metallen oder aus Elfenbein . Auch kamen kostbare Zahnstocherbehälter auf.